Cuantificar la evacuación de contaminantes agrarios a través del agua drenaje en zonas regadas permite asignar esa pérdida a la superficie de regadío de la que proviene. Ello resulta imprescindible para la aplicación de una legislación basada en máximos permisibles de masas de contaminantes exportados Como continuación a la evaluación del aprovechamiento del agua, esta segunda parte del estudio pretende evaluar la contaminación inducida por las 59.200 ha regadas de Bardenas incluidas en la cuenca del Arba. Para ello, se ejecutaron balances de masas (sales y nitrato) asignando valores de concentración a cada uno de los componentes del balance hídrico en el periodo 2004-2007. Asimismo, se analizó la evolución de índices de contaminación por sales (ICS) y nitrato (ICN) que corrigen la masa de contaminantes exportada por la salinidad y necesidades de fertilización del regadío estudiado. Los ICS e ICN disminuyeron de 2004 a 2007 un 15% y un 23% respectivamente, situándose por efecto de la reutilización del agua de drenaje, en valores un 60% inferior a los obtenidos en pequeñas cuencas del mismo regadío. El ICS fue similar al de modernos regadíos bien gestionados aunque el ICN fue un 24% superior. Los resultados indicaron escasas posibilidades de disminuir más la contaminación por sales pero una necesidad de adecuar el manejo combinado del riego y fertilización de tal forma que se minimice la contaminación por nitratos, algo que en Bardenas no es fácil de conseguir por la presencia mayoritaria de suelos inadecuados para el riego por inundación que no permite un control suficiente de las fechas-dosis de agua y nitrógeno a aplicar.