Se describe la aplicación de un método sencillo y eficaz para controlar una contaminación endógena bacteriana en cultivos in vitro de brotes de manzano, que mostraron crecimiento de bacterias de origen endógeno, mediante el subcultivo sucesivo de los ápices en medio de cultivo con cefotaxima. Las bacterias endógenas son frecuentes en cultivos in vitro iniciados a partir de explantos tomados de árboles adultos crecidos en campo y afectan tanto al crecimiento de brotes como a la organogénesis de brotes y raíces adventicias. Utilizamos brotes de manzano del cv. “Douce de Djerba” cultivados in vitro que mostraban crecimiento bacteriano en la base de los brotes. Mientras que tratamientos de 1 h con soluciones de hipoclorito de sodio al 0.1% o al 1.0% dañaron los brotes y fueron ineficaces, la adición de cefotaxima estéril al medio autoclavado (MS modificado) a 150 mg l-1 inhibió el crecimiento bacteriano y mejoró tanto el crecimiento de los brotes como la expansión de las hojas. Tras el tercer subcultivo en medio con cefotaxima, no se detectó ningún crecimiento bacteriano en el medio, tanto en el medio de cultivo como en placas PYGA. La longitud de los brotes tratados con cefotaxima fue el doble que la de los brotes sin tratar (32.7 ± 2.71 mm vs. 15.95 ± 1.48 mm respectivamente). El método descrito aquí permitirá el control de bacterias endógenas sensibles a la cefotaxima in vitro, eliminando una fuente de variabilidad incontrolada que puede afectar diferentes estudios.