Las encefalopatías espongiformes transmisibles (EETs), o enfermedades priónicas, son enfermedades neurodegenérativas que afectan tanto a los animales como al hombre, siendo el scrapie es el modelo prototipo de este grupo de enfermedades. Los mecanismos específicos de la patogenia asociada a las EETs no se conocen en profundidad. Las herramientas genómicas podrían ayudar a la aclaración de algunos de los mecanismos moleculares de la patología de estas enfermedades, comparando el nivel transcripcional entre individuos sanos y enfermos. Asimismo, podrían permitir la identificación de moléculas útiles para el diagnóstico y dianas terapéuticas en las EETs y otras enfermedades neurodegenerativas. Hasta el momento, los trabajos realizados han detectado multitud de potenciales biomarcadores a nivel génico. Estos genes codifican proteínas implicadas en el metabolismo lipídico, proteínas que tienen función de proteasas, de inhibidores de proteasa y de chaperonas. Sin embargo, los genes que han llegado a confirmarse como biomarcadores especificos para las EETs son muy pocos. Otras aproximaciones moleculares, como la proteómica, la secuenciación masiva o la PCR cuantitativa, se han utilizado con los mismos fines. En este trabajo se revisan los resultados obtenidos hasta el momento. La búsqueda de nuevos biomarcadores asociados a las EETs sigue siendo necesaria, principalmente en los hospedadores naturales de la enfermedad. Hasta el momento, la mayoría de los estudios se han realizado en ratones como modelos de EETs, pero el conocimiento del patrimonio genéticogenoma de hospedadores naturales como el ovino permite aplicar la genómica en estas especies.