En este trabajo se presentan diferentes herramientas biotecnológicas aplicables a la mejora genética de frutales del género Prunus, tales como el uso de fuentes alternativas de germoplasma, la puesta a punto de nuevas técnicas de evaluación del material vegetal o la aplicación de marcadores moleculares. En primer lugar se describe la utilización de especies silvestres de Prunus como fuente de germoplasma alternativa para la introducción de genes que no estén disponibles en las especies cultivadas. Por otro lado, se describe el uso de plántulas procedentes de semillas con embriones múltiples (poliembriónicas) con un gran interés para la realización de estudios genéticos. Las técnicas de cultivo in vitro ofrecen unas grandes posibilidades para la evaluación del material debido a la ausencia de interacción con el medioambiente y a la gran cantidad de material que se puede manejar. También el cultivo de frutales en condiciones controladas en invernadero sometiéndolas a periodos artificiales de letargo en cámara fría permitiría la evaluación más precisa de algunos caracteres. Por otro lado, los marcadores moleculares han sido utilizados ampliamente para la caracterización del material vegetal. Las principales metodologías ensayadas en el desarrollo de marcadores moleculares ligados a caracteres de interés agronómico son el desarrollo de mapas de ligamiento en poblaciones y la aplicación del “Bulk Segregant Análisis”. Hasta la fecha marcadores moleculares ligados a 19 caracteres cualitativos (monogénicos u oligogénicos) y 18 caracteres cuantitativos (poligénicos) han sido descritos en diferentes especies del género Prunus.