En este trabajo se analiza el efecto que la liberalización del mercado eléctrico tiene sobre la variación de los regímenes de temperatura del agua en plantas de acuicultura intensiva que aprovechan los efluentes de refrigeración de centrales generadoras de electricidad. Para ello se han utilizado datos de una instalación dedicada al engorde de anguilas europeas, la cual toma el agua caliente del efluente de refrigeración de la Central Térmica de Puente Nuevo (Córdoba). Los resultados indican que la liberalización del mercado del sector eléctrico tiene una influencia significativa sobre la forma y cantidad de energía generada por la Central Térmica, y por consiguiente sobre el régimen termal del efluente de refrigeración. Los niveles de temperatura en el interior de la instalación son dependientes asimismo de la temperatura del agua en el efluente de refrigeración, estimándose la disminución de los índices de crecimiento debidos a este factor en un 5%.