Para aumentar la eficacia de los esquemas de selección se ha propuesto el uso de criterios indirectos de selección junto a los criterios clásicos. Ese uso supone conocer los parámetros genéticos y particularmente las correlaciones entre criterios. El fracaso de la selección de los caracteres reproductivos de las hembras a través de las medidas testiculares de los machos emparentados ilustra las dificultades de la selección indirecta, incluso en el caso de parámetros genéticos favorables. Además, las dificultades encontradas para combinar los dos criterios que componen el tamaño de camada en un índice mejor que el que proporciona el criterio clásico, enseñan que las combinaciones lineales de varios criterios pueden tener a veces una baja eficacia para la selección. Las evoluciones recientes de la biología ponen una gran cantidad de nuevos criterios al alcance del seleccionador. Esos criterios son de dos tipos. Por una parte, se dispone ahora en todas las especies domésticas de un gran número de marcadores de QTL (microsatélites o SNP). Sin embargo, en la práctica, aparte de casos muy específicos, esos marcadores presentan más interés para localizar o identificar genes que como criterios que integrar en un proceso de selección. Por otra parte, se han descubierto varias mutaciones causales que presentan en algunos casos un gran interés para la mejora genética; pero la integración de esos datos en los cálculos de índices de selección es escasa. Sin ninguna duda, para combinar criterios de selección elementales en índices más eficaces aún son necesarios unos desarrollos metodológicos.