En este estudio, fueron evaluados los sistemas de marcaje Visible Implant Elastomer (V.I.E.; Northwest Marine Technology Inc.) y Passive Integrated Transponder (P.I.T.; EiD Ibérica SA - TROVAN) en bocinegro (Pagrus pagrus), como métodos de marcaje para trazar la genealogía durante su cultivo dentro de un programa de selección. Para el marcaje VIE, fueron comprobadas las clases de peso, 0,5 y 2 g, no encontrándose efecto de la marca sobre el crecimiento. La marca se fragmentó a lo largo de los experimentos (3,06±0,17 fragmentos) y mostró una tasa de retención máxima. A los 0,5 g, los peces marcados mostraron una mortalidad significativamente mayor que los peces control, 21,7% (P<0,05). A los 2 g de peso, no hubo efecto de la marca sobre la mortalidad. La visibilidad por color decreció en el siguiente orden; rojo, rosa, verde, naranja, blanco y azul. Para el marcaje con PIT, se evaluaron las clases de peso de 4 y 10 g. Ambas clases mostraron una alta tasa de retención, 99%, y no hubo efecto de la marca sobre el crecimiento. Se detectó un efecto significativo del PIT sobre la mortalidad de los peces, 24,4% a los 4 g y 27% a los 10 g (P<0,05). Dentro de esta última clase, no hubo diferencia significativa en mortalidad entre peces marcados y no marcados con pesos >10 g.