Los microsatélites constituyen en la actualidad uno de los marcadores más utilizados para la búsqueda de QTLs o loci responsables de algunas enfermedades hereditarias. Una alternativa al genotipado individual es la amplificación en una sola reacción de un grupo de animales que conforman un pool de ADN. En este trabajo se ha valorado la precisión en la estimación de las frecuencias alélicas de cuatro microsatélites amplificados en pools de ADN formados por grupos de entre 3 a 50 animales. El producto amplificado fue posteriormente analizado por electroforesis capilar en un secuenciador ABI‑310. Las imágenes obtenidas se corrigieron para las bandas sombra y amplificación diferencial, artefactos que se generan durante el proceso de amplificación en la mayoría de los microsatélites, tomando como medidas informativas de las frecuencias alélicas la altura y área de pico. Como medida de la precisión del estimador de las frecuencias alélicas se utilizó la varianza del error técnico (Vt), siendo la altura de pico la variable que proporcionaba menores valores de Vt. La Vt media obtenida fue de 0,001, por lo que la frecuencia de cualquier alelo se encuentra dentro del rango x ± 6,3% para un intervalo de confianza del 95%. La correlación entre las frecuencias alélicas obtenidas por genotipado individual y las estimadas a partir de los pools fue alta, r =  0,93 a r =  0,99. No se observó un incremento de la Vt con el aumento del número de individuos dentro del pool.