Se han estudiado la variabilidad y relaciones genéticas de las cuatro poblaciones equinas de aptitud cárnica de España de protección especial (41 muestras) (Burguete (BUR): 10, Jaca Navarra (JAC): 11, Hispano Bretón (HB): 10 y Agrupación Hipermétrica del Pirineo (AHP): 10) a través del estudio del ADN mitocondrial (ADNmt). Se han encontrado 15 haplotipos en las 4 razas analizadas determinados por la existencia de 19 posiciones polimórficas de las cuales 18 han sido posiciones informativas parsimoniosas y 1 no informativa (singleton). La diversidad haplotípica (Hd) ha oscilado entre 0,758 del AHP y 0,993 del BUR siendo el valor medio de todas las razas de de 0,929 (SD = 0,016). La raza JAC ha presentado el mayor valor de diversidad nucleotídica (0,023). Casi la totalidad de los haplotipos encontrados los han compartido las razas analizadas excepto el haplotipo 8 que sólo lo ha presentado la AHP, el haplotipo 10 la raza BUR, los haplotipos 13 y 14 el HB y el haplotipo 15 la raza JAC. No se ha encontrado un agrupamiento claro de las poblaciones analizadas, lo que confirma los múltiples orígenes maternos previamente indicado por varios autores. No obstante, al haberse encontrado haplotipos específicos en las 4 poblaciones analizadas se deben tenerlos en cuenta a la hora de llevar a cabo los planes de conservación.