La raza Merina ha tenido a lo largo de la historia un importante papel desde el punto de vista político, biológico, económico y ganadero, siendo hoy día la raza de aptitud cárnica de mayor censo de nuestro país. El objetivo de este trabajo ha sido conocer la situación de las estirpes tradicionales más importantes de la raza Merina en España ("Serena", "Hidalgo", "Granda" y "López-Montenegro") mediante el uso de herramientas genealógicas y moleculares. Según nuestros resultados las estirpes que más influencia mantienen actualmente son la "Serena" y la "Hidalgo" con un 27% y un 15% respectivamente mientras que "López-Montenegro" y "Granda" cuentan con sólo un 0,3%. Se ha puesto de manifiesto la predilección de los criadores por determinados tipos de merino lo que podría poner en peligro la variabilidad genética intrarracial del Merino haciendo desaparecer alguna de las estirpes tradicionales, que por sus características morfológicas y productivas son menos rentables económicamente. Las dos estirpes con más influencia en la población son las que han presentado unos valores de variabilidad genética, estimada a partir de marcadores moleculares, mas reducida. Sin embargo las estirpes "Granda" y "López-Montenego" han presentado los valores mayores de heterocigosidad observada (Ho) (0,67 y 0,70), esperada (He) (0,68, 0,72) y número medio de alelos por locus (Nma) (7,45 y 7,97) respectivamente. La comparación entre ambas metodologías determinó que el coeficiente de diferenciación genética (FST) para los animales de las cuatro líneas identificadas, fue un 30% más elevado mediante genealogías que mediante información molecular.