El origen de la población Manchado de Jabugo se atribuye a cruces realizados en el siglo XIX entre cerdos Ibéricos negros y colorados. Se supone que animales de razas Large White y Berkshire contribuyeron además a fundar esta población, que ha permanecido aislada durante décadas en algunos pueblos de la Sierra de Aracena. El objetivo de este trabajo fue rastrear posibles huellas genéticas de las variedades y razas fundadoras en la población actual, conservada por la Diputación de Huelva. El ADN mitocondrial de animales Manchado de Jabugo y Large White presenta secuencias coincidentes tanto para la región de control D-loop, como para los genes Cyt b, ATPasa8, ATPasa6 y NADH5. La mutación IGF2 g.3072G>A, ocurrida en un cromosoma asiático, se detecta en la población Manchado, y está presente asimismo en Large White y Berkshire. Ello concuerda con la posible contribución fundacional de ambas razas británicas, en las que se introdujeron genes de origen asiático a partir del siglo XVIII. Finalmente, esta población presenta cuatro alelos del gen MC1R. El alelo MC1R*3 es característico de la variedad negra de cerdo Ibérico y del Large White. Los alelos MC1R*6 y MC1R*7 de la variedad colorada, y el primero también del Berkshire. La presencia del alelo MC1R*4, característico de la raza Duroc indica una contribución más reciente de esta otra raza foránea al germoplasma del Manchado de Jabugo.