La tecnología de los microarrays de expresión es la herramienta ideal para el estudio de patrones de
expresión de miles de genes de forma simultánea. Sin embargo existe gran variabilidad de resultados
atribuible a los aspectos técnicos y de análisis estadístico. En este trabajo presentamos algunos de los
problemas surgidos en el estudio de las diferencias de expresión en hígado de cerdos ibéricos para los
tratamientos sexo y alimentación empleando microarrays de Affymetrix. Los datos de expresión normalizados
fueron analizados siguiendo dos aproximaciones de la metodología de los modelos mixtos.
Para ambos tratamientos las diferencias de expresión detectadas fueron dependientes del modelo de
análisis y solo un pequeño número de genes diferencialmente expresados fueron coincidentes en
ambas estrategias estadísticas. Algunas de estas diferencias de expresión fueron validadas por PCR
cuantitativa. Además identificamos errores de diseño y falta de anotación de las sondas del array. Los
resultados de este estudio nos han permitido detectar diferencias de expresión de algunos genes de
interés, pero también remarcan la necesidad de realizar estudios complementarios que confirmen las
diferencias de expresión reveladas a través de la tecnología de los microarrays.
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