Para relacionar determinados caracteres fenotípicos de naturaleza poligénica con regiones concretas del genoma (QTL's) es necesario disponer de marcadores moleculares conocidos y posicionados que permitan detectar la existencia de desequilibrios de ligamiento. Los marcadores tipo microsatélite, por su gran abundancia, el conocimiento que existe de su posición en el genoma porcino y por su elevado polimorfismo, resultan idóneos para realizar esta aproximación. Este trabajo se ha realizado con el objetivo de seleccionar aquellos microsatélites más apropiados para un proyecto pluridisciplinar más amplio encaminado a localizar QTL's relacionados con la calidad de la carne en las razas porcinas Ibérica y Landrace. Para ello hemos tenido en cuenta su posición en el genoma y su variabilidad interpoblacional, es decir, su informatividad. Ésta ha sido calculada mediante un estadístico que tiene en cuenta las frecuencias, en una de las poblaciones, de los alelos presentes en la otra.