Las técnicas de manipulación y análisis de ácidos nucleicos han experimentado importantísimos avances en los últimos años. Especialmente importantes han sido los avances en la generación de nuevos marcadores moleculares como los RFLPs, RAPDs o VNTRs, útiles para una diversidad de objetivos en mejora vegetal. Los marcadores de ADN se han utilizado especialmente en especies herbáceas, aunque este tipo de marcadores pueden ser especialmente interesantes en especies frutales debido a su largo período de juvenilidad y tardía entrada en producción. Como consecuencia, su aplicación en especies frutales ha comenzado mucho más recientemente. En este trabajo se describen los principales marcadores de ADN disponibles actualmente y se revisan los resultados obtenidos en especies frutales.