Hasta la fecha no se han descrito cultivares de almendro homocigóticos autocompatibles. No se sabe si estos individuos homocigóticos son peores que los heterocigóticos, y por ello no han sido seleccionados, o simplemente no han sido identificados todavía. Al objeto de indagar en este fenómeno, en una población de 241 descendientes obtenidos por autofecundación de selecciones autocompatibles, se determinó el genotipo homocigótico o heterocigótico mediante isoelectroenfoque de ribonucleasas estilares. Los zimogramas resultantes mostraron que 129 de los descendientes eran homocigóticos y 112 heterocigóticos. Se analizaron las diferencias entre estos dos tipos de individuos autocompatibles para 16 características agronómicas durante tres años. En general no hubo diferencias importantes entre los dos tipos, mostrando ambas una escasa productividad, probablemente consecuencia de la elevada consanguinidad derivada de su origen. Algunos individuos homocigóticos selectos han sido utilizados en cruzamientos con el fin de asegurar la autocompatibilidad en la descendencia y así eliminar la laboriosa tarea de evaluar este carácter.